Bezpieczeństwo zdrowotne żywności zostało zdefiniowane w polskiej ustawie o bezpieczeństwie żywności i żywienia jako: „ogół warunków, które muszą być spełniane, (…) i działań, które muszą być podejmowane na wszystkich etapach produkcji i obrotu żywnością – w celu zapewnienia zdrowia i życia człowieka”. Natomiast zgodnie z definicją Codex Alimentarius Food Hygiene Basic Texts, FAO/WHO, jako zapewnienie, że żywność nie spowoduje uszczerbku na zdrowiu konsumenta, jeśli jest przygotowana i/lub spożywana zgodnie z zamierzonym zastosowaniem. Różnice w tych dwóch definicjach wskazują na fakt, że bezpieczeństwo żywności, a także jej zagwarantowanie może być różnie rozumiane. Czym innym bowiem jest spełnienie warunków i podejmowanie działań, jak zapisano w polskiej ustawie, a czym innym zapewnienie, że żywność nie spowoduje uszczerbku na zdrowiu konsumenta. Ten pierwszy warunek wydaje się być możliwym do zagwarantowania pod warunkiem, że w całym procesie pozyskiwania, przetwórstwa i dystrybucji, aż do nabywcy, zastosowane zostaną metody i/lub systemy gwarantujące spełnienie uznanych i opracowanych wymagań (higienicznych, jakościowych, organizacyjnych itp.). Takie metody i systemy (Dobre Praktyki, HACCP, identyfikowalność) zostały opracowane i są zalecane prawnie w krajach Unii Europejskiej jako minimum wymagań stawianych producentom żywności na wszystkich etapach łańcucha „od pola do stołu”.

Problemem może być natomiast zapewnienie bezpieczeństwa konkretnych produktów żywnościowych. Nie ma takiej możliwości, aby w pełni zagwarantować nieobecność zagrożeń i brak ryzyka zdrowotnego związanego ze spożyciem każdego produktu żywnościowego przez każdego konsumenta. Zarówno zaistnienie zagrożeń w żywności, jak i ryzyko z nimi związane jest obwarowane tak dużą liczbą czynników, że nie jesteśmy w stanie w 100 proc. skutecznie nad nimi zapanować. Nie oznacza to jednak, że możemy zwolnić się z podejmowania przynajmniej próby zagwarantowania bezpieczeństwa zdrowotnego żywności. Zagrożenia zdrowotne, które mogą wystąpić w łańcuchu żywnościowym mają różny charakter. Rozporządzenie 178/2002/EC definiuje „zagrożenie” jako czynnik biologiczny, chemiczny lub fizyczny w żywności lub paszy lub stan żywności bądź paszy, mogący powodować negatywne skutki dla zdrowia, natomiast „ryzyko” to niebezpieczeństwo zaistnienia negatywnych skutków dla zdrowia oraz dotkliwość takich skutków w następstwie zagrożenia.

Do najpoważniejszych zalicza się zagrożenia biologiczne, niemniej istotne są także czynniki chemiczne. Szczególnie problem jakości mikrobiologicznej żywności uznawany jest w skali światowej za bardzo istotny. Obserwuje się także przyrost liczby osób o podwyższonej podatności na zachorowania, np. chorych na AIDS. Przyczyną wzrostu zachorowań jest także transport nietrwałej, mało przetworzonej żywności na duże odległości, co umożliwia przenoszenie drobnoustrojów patogennych po całym świecie. Innymi czynnikami przyczyniającymi się do zmiany epidemiologii zatruć i zakażeń pokarmowych są rodzaje spożywanych przez ludzi produktów żywnościowych, ich źródła i zmiana wymagań konsumentów ze wskazaniem na żywność o niskim stopniu utrwalenia, czyli żywność minimalnie przetworzoną.